In questo luogo Lello di Guido fece nel 1286, un testamento chiedendo di deporre la sua salma nella Basilica di San Francesco.
Fu Piccardo di Angelo, nipote di San Francesco a trasformare questa piccola stanza della casa, in luogo Sacro per ricordare ai concittadini e al mondo intero il Luogo della nascita del Santo.Piccardo per 29 anni fu un penitente della Basilica di San Francesco, ed è anche per questo che l'Oratorio di San Francesco passerà in dono al Sacro Convento.
L'interno dell'oratorio è caratterizzato da una volta in pietra rustica, molto simile a quella della Porziuncola e di San Damiano, e negli anni le pareti vennero rivestite da afffreschi,mentre nel 1926 vennero riportate alle origini.
La facciata di questo piccolo Oratorio è di stile romanico-gotico, molto simile all'interno del Loggiato che si trova nel Sacro Convento realizzato dai Maestri Comancini.Sull'arco ogivale troviamo una frase molto significativa scritta in latino : " Questo Oratorio fu stalla del bove e dell'asinello dove nacque San Francesco,specchio del Mondo".
Questo luogo tanto caro ad Assisi, possiamo definirlo come Santuario in memoria della nascita del Santo.

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