di San Francesco è uno dei santuari più venerati della cristianità. La Basilica superiore, realizzata in perfetto stile gotico è celebre in tutto il mondo per gli affreschi di Cimabue e quelli di Giotto, raffiguranti la vita di San Francesco. L'esistenza del poverello di Assisi si rivela, attraverso l'impronta giottesca, nella sua pregnante storicità, esaltando la figura di un santo moderno, al di fuori degli schemi agiografici e leggendari.
Di origine romanica è invece la Basilica inferiore costruita nel 1228. Le pareti e le volte, impreziosite dai capolavori di Giotto, Piero Lorenzetti e Simone Martini celebrano la vita del Cristo e quella di San Francesco.
I lavori di realizzazione della chiesa furono seguiti personalmente da Fratello Elia, il primo successore del santo, a distanza di due anni dalla sua morte.
Proprio nella basilica inferiore furono custodite, sin dal 1230, le spoglie mortali di San Francesco. Un triste destino però dovette subire il sarcofago, quando fu occultato per evitare che la vicina Perugia potesse sottrarlo.
La cripta, scavata nel 1818 conserva da allora le spoglie di San Francesco in un' urna, poggiata sulla roccia viva.
Simbolo e cuore del messaggio francescano, la Basilica di San Francesco, rappresenta per tutti, credenti e non, una meta obbligatoria. Fondata da Gregorio IX nel 1228 e consacrata da Innocenzo IV nel 1253, la nuova chiesa, oltre ad essere sede conventuale e santuario della sepoltura del poverello di Assisi, era infatti destinata a diventare cappella papale.
Assisi è dunque un nuovo centro che nasce direttamente nell'orbita della curia romana. Sarà il fiorentino Cimabue a operare, dirigere e coordinare la grande impresa della decorazione pittorica delle pareti basilicali, affiancato da fior fiore degli artisti a lui contemporanei, come il Torriti, proveniente da Roma, seguito da giovane Giotto; quest'ultimo lascerà al principio dell'ultimo decennio del secolo la sua prima decisiva opera di vasto respiro nella Basilica superiore: le Storie di San Francesco, eseguite su committenza papale.
Fin dall'origine il santuario fu ideato a due chiese sovrapposte unite in un unico progetto ma indipendenti fra loro. La lettura delle due chiese rivela una disparità di esecuzione tra il settore inferiore e quello superiore, da spiegarsi col fatto che non fu probabilmente una sola la maestranza che eseguì il progetto.
La struttura gotica emerge già nella Chiesa inferiore, nella navata e nel transetto: si tratta di uno spazio piuttosto compresso verso il basso che si realizza su pilastri massicci e tozzi, in cui le larghe volte sono rette da robusti archi a tutto sesto. Questa robustezza è realizzata volutamente ed è propria di un edificio destinato a reggere il peso di una costruzione superiore; in questo senso si giustifica l'uso di elementi ancora romanici, come la copertura a botte, anche se nella prima campata e nelle laterali, il profilo dei costoloni e degli archi acuti manifesta il fiorire del gotico.
Ben diverso aspetto, invece, offre la Chiesa superiore: lo spazio si dilata luminoso, ampi fasci polistili svettano verso l'alto, accanto ai costoloni a forma acuta ; le parti superiori delle superfici murarie si aprono in grandi finestre lungo l'aula della navata, nel coro e nel transetto. Il lungo cornicione che corre lungo le pareti all'altezza mediana tende tuttavia a limitare lo slancio dell'edificio superiore.
Anche all'esterno il tempio assisiate tempera l'impressione gotica dell'interno. Ai fianchi della chiesa, contrafforti e archi rampanti poggiano su enormi strutture cilindriche di sostegno del corpo architettonico; la facciata ripete gli schemi del romanico; umbro-gotica è soltanto la porta d'ingresso bipartita, mentre anche la forma del campanile (compiuto nel 1239) è squisitamente romanica.
Le Storie di San Francesco impegnarono gli anni giovanili del grande Giotto, egli fu il principale protagonista della rivoluzione pittorica che si compì in Italia a partire dai primi decenni del Trecento.
" Nel Trecento, come la poesia, la pittura ha poche altissime cime che attingono l'eterno, fuori del tempo...Quella che era stata per secoli l'essenza della pittura già era scossa dal rivolgimento del pensiero e delle coscienze per cui le idee trascendentali medievali cedevano ad altre meno indifferenti alla realtà tangibile: e d' un tratto Giotto compì nella pittura il grande mutamento opponendo al tradizionalismo i sensi e l'ispirazione con tale affermarsi d'individualità che ha paragone soltanto nei massimi creatori dell'arte. Come Dante egli sta solo."
Questa definizione della personalità e dell'arte di Giotto la si deve al grande storico dell'arte italiana Pietro Toesca (1877-1962).

Versi di Dante:"Credette Cimabue ne la pittura tener lo campo, e ora ha Giotto il grido, sì che la fama di colui è scura."

Dante, Purgatorio, XI, 94-96